Después que los Turcos asumieron el control de Constantinopla en 1453 D.C., transformaron Santa Sofia en una mezquita y fueron agregadas a él cuatro torres llamadas de minaretes (torres altas y finas cerca de la iglesia). Rehabilitaron Santa Sofia varias veces debido a daños causado por una serie de terrémotos.

Santa Sofia actualmente no es ni una iglesia ni una mezquita sino un museo. Dentro del museo, puede observar la influencia de las religiones y de las culturas católicas e islámicas en sus decoraciones y frescos.